Война для торгового флота Советского Союза по сути началась с телеграммы, посланной 21 июня 1941 в Ленинград в Балтийского пароходство радистом Ю. Б. Стасовым с парохода «Магнитогорск», который находился в порту Данциг: “Из порта не выпускают. Скопление войск. Похоже на войну. Не посылайте...” Здесь телеграмма обрывалась. В ночь на 22 июня несколько советских судов в Балтийском море были атакованы германскими самолетами и кораблями. Недалеко от Кронштадта был обстрелян с самолета пароход “Луга”, а у шведского острова Готланд немецкие торпедные катера потопили пароход “Гайсма”, который шел с грузом леса в Германию. С тонущего судна успели послать радиограмму в Латвийское пароходство о том, что “Гайсма” атакована и тонет. В полдень пароход “Рухну” подорвался на мине и затонул между Кронштадтом и Ленинградом. Как позже выяснилось, в портах Германии и оккупированных ею стран гитлеровцы захватили 32 торговых судна и пленили 860 советских моряков. Потери первых дней были велики и невосполнимы. Моральный удар потрясающий, так как в результате вероломства немцев и политической близорукости руководителей государства значительное число судов морского флота и почти тысяча моряков-патриотов, высококлассных специалистов, без борьбы оказались в руках врага. Беспечность руководства тем более удивительна, что после 10 июня 1941 г. из советских портов поспешно ушли все германские торговые суда. С началом войны на основе мобилизационных планов часть судов была передана Военно-морскому флоту. На Балтике управление использованием судов трех пароходств перешло к Балтийскому пароходству. На Севере координация была поручена уполномоченному ГКО начальнику Главсеверморпути И.Д.Папанину. Осенью 1941 г. было централизовано руководство нефтеналивным и сухо грузным флотом и на Каспийском море. Главные задачи, поставленные ГКО перед морским транспортом в соответствии с обстановкой, заключались в перевозках войск, техники и всех видов снабжения для армии и флота, в перебазировании пред приятий, ценных грузов и населения на восток, в обеспечении народнохозяйственных перевозок.